基督教的教義源於《聖經》，全能神教會的教義源於神創世以來所作的律法時代、恩典時代和國度時代這三步作工中所發表的一切真理。也就是說，《舊約聖經》、《新約聖經》與末世重歸的主耶穌——全能神所發表的國度時代的聖經——《話在肉身顯現》，這三本書就是全能神教會的基本信仰和教義。《舊約聖經》記載的是律法時代耶和華神頒布律法、誡命，帶領人類生活的工作；《新約聖經》記載的是主耶穌在恩典時代所作的救贖工作；《話在肉身顯現》是全能神在國度時代所發表的潔淨、拯救人類的一切真理，是神作末世審判工作的紀實。真實的聖經是神在三步作工中的所有發聲說話，全能神教會的基本信仰是神在三步作工中的所有發聲說話，也就是神在三步作工中所發表的一切真理，這三本《聖經》才是全能神教會的基本信仰與教義。
基督教產生於恩典時代主耶穌的作工，但基督教所信仰的主耶穌基督所作的只是恩典時代的救贖工作。因著道成肉身的主耶穌釘十字架作了人類的贖罪祭，把人從撒但手裡贖了回來，使人免去了律法的定罪、咒詛，人只要來到神面前向神認罪悔改，罪就能得著赦免，享受到神賜給人類豐豐富富的恩典與祝福，這就是主耶穌所作的救贖工作。人類雖然因著主耶穌的救贖，罪得著了赦免，但犯罪的本性並沒有除去，人還受罪性的捆綁、控制，身不由己地犯罪抵擋神，就如狂妄自大、爭名奪利、嫉妒紛爭、說謊欺騙，追隨世界邪惡潮流等等，人並沒有脫離罪的捆綁達到聖潔，所以主耶穌多次預言他必再來，作末世的審判工作，正如主耶穌說：「看哪，我必快來！」（啟22：12）「若有人聽見我的話不遵守，我不審判他。我來本不是要審判世界，乃是要拯救世界。棄絕我、不領受我話的人，有審判他的，就是我所講的道在末日要審判他。」（約12：47-48）彼得前書中也記載：「因為時候到了，審判要從神的家起首。」（彼前4：17）末世基督全能神就是主耶穌的再來，全能神發表了潔淨、拯救人類的一切真理，作了審判從神家起首的工作，完全成就了聖經的預言。全能神發表的《話在肉身顯現》就是啟示錄中預言的「聖靈向眾教會所說的話」（啟2：7），是神末世審判工作的紀實。全能神所作的末世審判工作是神拯救人類的最後一步工作，也是神拯救人類最根本、最關鍵的一步工作。人類要想達到蒙神拯救進天國，必須得接受神作的審判工作，這就應驗了主耶穌所說的：「半夜有人喊著說：『新郎來了，你們出來迎接他！』」（太25：6）「看哪，我站在門外叩門，若有聽見我聲音就開門的，我要進到他那裡去，我與他，他與我，一同坐席。」（啟3：20）人類只有接受、經歷神話語的審判刑罰，才能認識神的聖潔、公義，認識人類被撒但敗壞的本性實質與事實真相，能向神真實悔改，脫去一切的罪惡，達到聖潔，成為順服神、敬拜神的人，被神得著，這樣才有資格承受神的應許、祝福，得著美好的歸宿。
全能神教會的教義源於神在三步作工中所發表的一切真理，就是《聖經》所記載的神的話與《話在肉身顯現》。神從創世以來，就開始作拯救人類的工作，直到末世作了審判從神家起首的工作，這才完成了神拯救人類的經營計劃。我們從神在三步作工中所發表的話語與一切真理上就完全能夠看見，不管是起初神在律法時代使用人作工，還是在恩典時代、國度時代兩次道成肉身作工，都是一位靈在發聲說話，發表真理，實質就是一位神在說話作工。所以，全能神教會的教義就源於《聖經》與《話在肉身顯現》。
（2）關於《話在肉身顯現》
《話在肉身顯現》就是末世基督全能神的親口發聲，是神在末世審判工作中所發表的潔淨、拯救人類的一切真理，這些真理都是聖靈的直接發表，都是神生命實質的流露，是神的性情與所有所是的發表，是人類達到認識神、得潔淨蒙拯救的唯一路途。全能神所發表的話語，是人行事與做人的最高準則，是人類最高的人生格言。
全能神教會的基督徒每天讀的都是《話在肉身顯現》中神的話語，就像基督教的基督徒讀聖經一樣，基督徒都是把神的話當作自己的生命指南，當作人生的最高生命格言。恩典時代，基督徒都讀聖經，聽講聖經的道，人的行為逐漸發生變化，犯罪越來越少；全能神教會的基督徒也都是靠讀全能神的話語，交通神的話語，逐漸明白真理脫離了罪的捆綁，不再犯罪抵擋神，成為與神相合的人。事實足以證明，人類只有讀神的話語才能得潔淨、得變化，活出真正人的樣式，這是任何人無法否認的事實。《聖經》中所記載的神的話語都是神在律法時代、恩典時代作工時所發表的，而《話在肉身顯現》是神末世作工所發表的話語，源頭都是出於聖靈。全能神的說話作工完全應驗了聖經中的預言，全能神就是主耶穌的再來，正如主耶穌說：「我還有好些事要告訴你們，但你們現在擔當不了（或作：不能領會）。只等真理的聖靈來了，他要引導你們明白（原文作：進入）一切的真理；因為他不是憑自己說的，乃是把他所聽見的都說出來，並要把將來的事告訴你們。」（約16：12-13）啟示錄中也預言：「聖靈向眾教會所說的話，凡有耳的，就應當聽！」（啟2：7）「我看見坐寶座的右手中有書卷，裡外都寫著字，用七印封嚴了。……看哪，猶大支派中的獅子，大衛的根，他已得勝，能以展開那書卷，揭開那七印。」（啟5：1、5）
現在，我們都已經看見這個事實：全能神所發表的一切話語都是真理，有權柄，有能力，就是神的聲音，誰也否認不了，誰也改變不了，《話在肉身顯現》已在網上公開面向各國各方的尋求考察，沒有人敢否認這是神的話，沒有人敢否認這是真理。神的話語正在帶動整個人類，人類開始在神的話中逐步甦醒，逐步向接受真理、認識真理發展，國度時代就是全能神的話語在地上掌權的時代，神的話語句句都要成就、應驗。正如所有信神的人都承認聖經一樣，以後所有信神的人都得承認《話在肉身顯現》就是神末世的發聲說話。《話在肉身顯現》現在是全能神教會的信仰根基，以後必將成為下一個時代整個人類生存的根基。
（3）關於神的名與神的三步作工
人類被撒但敗壞後，都活在撒但權下敗壞得越來越深，無法自救，需要神的拯救。神根據敗壞人類的需要，作了律法時代、恩典時代、國度時代三步工作。律法時代，神作了頒布律法、誡命帶領人生活的工作；恩典時代，神道成肉身在律法時代工作的基礎上，作了釘十字架的工作，把人類從罪中救贖了出來；國度時代，神再次道成肉身，在恩典時代救贖工作的基礎上，作了審判從神家起首的工作，發表了潔淨、拯救人類的一切真理，帶給我們追求得潔淨蒙拯救的唯一道路，我們只有得著真理實際作生命，成為順服神、敬拜神的人，才有資格被神帶入神的國，承受神的應許、祝福。神拯救人類的三步工作緊密相連，缺一不可，一步比一步拔高、進深，都是一位神作的工作，神的三步作工才是拯救人類的完整工作。
耶和華、耶穌、全能神這三個名，是神在律法時代、恩典時代、國度時代所取的不同的名。因著神在每個時代的工作不同，神取的名也不同。神是以名來更換時代，以名來代表神在本時代的工作。律法時代，神的名叫「耶和華」；恩典時代，神的名叫「耶穌」；到了國度時代，神又更換了新名——「全能神」，這正應驗了聖經啟示錄的預言：「你要寫信給非拉鐵非教會的使者……得勝的，我要叫他在我神殿中作柱子，他也必不再從那裡出去。我又要將我神的名和我神城的名（這城就是從天上、從我神那裡降下來的新耶路撒冷），並我的新名，都寫在他上面。」（啟3：7、12）「主神說：『我是阿拉法，我是俄梅戛（阿拉法、俄梅戛乃希臘字母首末二字），是昔在、今在、以後永在的全能者。』」（啟1：8）雖然神在三個時代叫的名不同，作的工作不同，但實質是一位神，源頭是一。
神拯救人類的工作主要包括三步作工，神在每一個時代都取了不同的名，但神的實質永遠不變，三步作工就是一位神的作工，所以耶和華、耶穌、全能神就是一位神。耶穌是耶和華的顯現，全能神又是主耶穌的再來，因此全能神就是創造天地萬物，掌管萬有、主宰一切的獨一真神，全能神就是自有永有、獨一無二的造物主。
神在三步拯救人類的作工中，向人類顯明了神的全部性情，讓我們看見：神的性情不僅是憐憫慈愛，而且是公義、威嚴、烈怒；神的實質是聖潔、公義，是真理，是愛；神的性情、神的權柄能力是任何一個受造之物與非受造之物所不具備的。我們相信，從創世到世界的末了，神所說的一切話語都是真理，天地廢去，神的話永不廢去，句句都要成就！
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